Fakultas Hukum Universitas Yapis Papua adalah merupakan salah satu Fakultas baru yang dikelola oleh Universitas Yapis Papua. Fakultas Hukum berdiri pada tahun 2004. pendirian Fakultas Hukum yang dimulai pada tahun 2004 bersamaan dengan dibukanya Universitas Yapis Papua yang dulunya Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi (STIE) Yapis.

Pembukaan Fakultas Hukum UNIYAP didasarkan pada Surat Keputusan (SK) Kopertis Wilayah XII Nomor 58/D/O/2004, Tanggal 26 April 2004. Sejak saat itu sampai sekarang, Fakultas Hukum resmi mengadakan proses kegiatan belajar mengajar Sejak berdiri, jabatan Dekan di Fakultas Hukum telah mengalami 4 (delapan) periode kepemimpinan, yaitu sebagai berikut:

1. Azies Bauw, SH., MM (2004-2005)
2. Farida Tuharea, SH (2005-2006)
3. Azies Bauw, SH., MM (2006-2007)
4. Muslim, SH., M.Hum (2007-2011)
5. Farida Tuharea, SH., MH (2011-Sekarang)

Kemudian sejak tahun 2006 Program Studi Ilmu Hukum telah berhasil meraih Akreditasi dengan nilai “C” yang didasarkan pada surat Keputusan Badan Akreditasi Nasional (BAN) Nomor: 020/BAN-PT/AK-X/S1/XII/2006.Sesuai dengan jangka Waktu atau periode akreditasi, maka pada tahun 2011 ini, Fakultas Hukum akan diakreditasi ulang oleh Badan Akreditasi Nasional. 

Dalam rangka mewujudkan pelaksanaan Tri Dharma Perguruan Tinggi, berbagai bentuk aktivitas program Pendidikan atau Pengajaran dan Penelitian serta Pengabdian pada masyarakat juga terus akan dikembangkan di Fakukultas Hukum. Bentuk aktivitas dimaksud diantaranya dengan rencanakan akan membentuk Lembaga Praktikum dan  Bantuan Hukum (LPBH) UNIYAP dan Pusat Studi Konstitusi dan Kebijakan Publik (PSKK) hal ini berupaya untuk memberikan kontribusi terhadap persoalan-persoalan yang dihadapi oleh masyarakat  dilakukan secara cuma-cuma, tanpa adanya pungutan dari para pihak yang membutuhkan bantuan dan konseling tentang hukum maupun konstitusi dan kebijakan publik.